幕末にピリオドを打ち明治の新時代を迎えようとする時期、江戸は混乱の真っ只中にあり、幕府は剣術の達人たちを集めて市中警備の任にあたらせた。熊太郎芳武もこれに加わり門人たちを引き連れて町奉行関口権助とともに江戸警護の大役を勤めた。明治時代になり、明治4年(1871)に廃刀許可令が、さらに明治9年に廃刀令が具体化されると剣術は衰亡の一途をたどったので、熊太郎芳武は江戸における剣術指南に区切りをつけて、明治11年(1878)に郷里の上清久村に引き揚げ、ここで郷村子弟の教導にあたった。ときに熊太郎芳武40歳、人生のなかで最も油ののった年齢であったといえよう。明治維新以降、日進月歩の勢いで近代化に邁進する社会情勢と裏腹に旧幕府時代に脚光を浴びていた剣術は衰微の兆候がますます強くなる中にあって、地方では未だ剣術に対して愛着を持つ者が多く、熊太郎芳武が生家に帰ると芳武の剣技を慕って毎日早朝から何百人という子弟が近隣の各村から道場に通ってきたと伝えられている。戸賀崎家に残る起請文の一つに、明治13年から明治40年にかけて誓詞血判した門人が約200名も数えられることは、それを明確に裏付ける証拠であるということができる。しかし、日露戦争が終わったころ、熊太郎芳武は明治40年(1907)4月3日、切腹して自らの生命を絶った。

その理由は、私(８代正道)が祖父守恵(６代・1886～1968)聞いた話を含め推測すると、明治28年に現代剣道の最初の組織「大日本武徳会」が創設され、全国的に発展し、明治37年～38年の日露戦争の結果、その真価が認識されて、再び脚光を浴びようとしていた情勢下において、芳武自身が実戦的剣術を体得していたことと比較して、明治の中期から急激に隆盛にむかった実用的でない興行のような剣道にそまるようなことに妥協しきれなかったからだとされる。